近年來發現有越來越多心智障礙者有情緒困擾等問題，也常常以干擾的行為或是退縮的方式來表達他們的情緒，造成家庭、學校、社會上的困擾及不友善的對待，在心理需求上更容易被忽略。為了這一群擁有情緒行為困擾的個案，本院具備經驗豐富的兒童青少年精神科優良專業醫事團隊，藉由承接衛福部此一計畫，建置「嚴重情緒行為身心障礙者精神醫療特別門診」、推行個案管理制度及外展服務，提供雲嘉南地區的心智障礙者及其家庭更優質的醫療照護服務。
門診大廳有志工協助引導，獨立動線（符合無障礙設計），兒心診間附設遊戲活動空間，個別治療室，遊戲治療室，職能治療室，神經心理回饋室，心理衡鑑室
